植物根系与真菌之间的关系很常见。这种合作关系也称为菌根（mycorrhiza）。菌根为植物抵御土壤病害提供一定的防护。 种植健康植物的一个先决条件是有菌根存在。 菌根提高对干旱、霜冻、盐分、有毒金属以及极端pH和温度波动的耐受性。 菌根通过活跃的土壤生命促进生长活力。 菌根能够通过产生生长激素来促进生根、开花和结果，还能够通过更好地吸收硅，使叶子更强壮。 菌根通过分离粘性多糖和真菌丝本身，对形成更好的土壤结构做出重要贡献。
